FPDFは円や楕円を描画するメソッドがありません。 ググってみたところ、FPDFのクラスを継承して描画メソッドを追加する例が見つかりました。 日本語環境では、japanese.php を使っていると思いますので、この PDF_Japanese クラスのメソッドに追加します。 具体的には、下記コードを japanese.php の“class PDF_Japanese extends FPDF { ... }”の中にコピペしてください。 オリジナルを残しておきたい場合は、japanese.php のコピーで行って下さい。

円や楕円を描画するメソッド

function Circle($x, $y, $r, $style='D')
{
    $this->Ellipse($x,$y,$r,$r,$style);
}

function Ellipse($x, $y, $rx, $ry, $style='D')
{
    if($style=='F')
        $op='f';
    elseif($style=='FD' || $style=='DF')
        $op='B';
    else
        $op='S';
    $lx=4/3*(M_SQRT2-1)*$rx;
    $ly=4/3*(M_SQRT2-1)*$ry;
    $k=$this->k;
    $h=$this->h;
    $this->_out(sprintf('%.2F %.2F m %.2F %.2F %.2F %.2F %.2F %.2F c',
        ($x+$rx)*$k,($h-$y)*$k,
        ($x+$rx)*$k,($h-($y-$ly))*$k,
        ($x+$lx)*$k,($h-($y-$ry))*$k,
        $x*$k,($h-($y-$ry))*$k));
    $this->_out(sprintf('%.2F %.2F %.2F %.2F %.2F %.2F c',
        ($x-$lx)*$k,($h-($y-$ry))*$k,
        ($x-$rx)*$k,($h-($y-$ly))*$k,
        ($x-$rx)*$k,($h-$y)*$k));
    $this->_out(sprintf('%.2F %.2F %.2F %.2F %.2F %.2F c',
        ($x-$rx)*$k,($h-($y+$ly))*$k,
        ($x-$lx)*$k,($h-($y+$ry))*$k,
        $x*$k,($h-($y+$ry))*$k));
    $this->_out(sprintf('%.2F %.2F %.2F %.2F %.2F %.2F c %s',
        ($x+$lx)*$k,($h-($y+$ry))*$k,
        ($x+$rx)*$k,($h-($y+$ly))*$k,
        ($x+$rx)*$k,($h-$y)*$k,
        $op));
}

利用方法

require('japanese.php');

$pdf=new PDF_Japanese();
$pdf->AddPage();
$pdf->Ellipse(100,50,30,20);
$pdf->SetFillColor(255,255,0);
$pdf->Circle(110,47,7,'F');
$pdf->Output();