XHTML も XML には変わりないので、下記のように、method を "xml" と指定して出力させます。html として出力すると、終了タグを持たない <br> などは、<br/> や <br></br> と書いても、閉じタグは消されてしまいます。

<xsl:output method="xml" encoding="utf-8"/>

また、出力結果を XHTML の一部としてマージしたいような場合、XML 宣言が邪魔な場合は、下記のように omit-xml-declaration を指定して省略させることができます。

<xsl:output method="xml" encoding="utf-8" omit-xml-declaration="yes"/>