ZipArchive クラスで zip 圧縮したとき、作業ファイルは作成されているようだが、最終的に zip ファイルにリネームされずに消滅してしまうことがありました。 これは圧縮後のファイルサイズが 2GB を超えたためでしたので、適当なサイズになるように分割して解決しました。 ただし、圧縮後のファイルサイズを推計できないので、場合によっては厄介な問題かも知れません。

そのほか、filesize をはじめ PHP の関数では 2GB の壁がありますので、大きなサイズのファイルを扱って期待通りに動作しない場合は、まず疑ってみたほうが良いかも知れません。