選定にあたって、両方ともインストールしてみた結果、ESXi で行くことにしました。 感覚的に Hyper-V のほうが簡単かと思いましたが、無償版の Hyper-V Server 2012 R2 は手抜き感が見え見えなので、本格運用したかったら Windows Server 2012 を買えってことなんだろうと思います。

Hyper-V Server 2012 R2 を試した結果

• インストールは普通の Windows とほぼ一緒ですが、初回の設定はテキストベースの管理メニューから行う必要があります。
• 仮想マシンの管理等は、リモートPCに「Hyper-V マネージャ」をインストールして行いますが、サーバー側のファイヤーウォールでブロックされています。それを CLI コマンドで解錠してあげる必要があります。
• サインインすると、コマンドプロンプトとテキストベースの管理ツールが表示されますが、これらを閉じてしまうと、いったんサインアウトしてサインインし直す必要があります。これはリモートデスクトップでも同じで、うっかり閉じてしまったら Ctrl + Alt + End を押してサインアウトしなければなりません。
• リモート管理用の「Hyper-V マネージャ」ですが、Windows 7 用のものは Hyper-V Server 2012 R2 では使えないようです。Windows 8.1 を用意するか、Hyper-V Server 2012（無印）を用意しなければなりません。
• という訳で、仮想マシンを作るまで、試してみることができませんでした。

ハイパーバイザ型の場合、ホストOSが要らないのが最大のメリットですが、Hyper-V の場合は結構な容量のペアレントOSがインストールされますし、推奨でもホストとゲストで HDD やネットワークを分けるというような記述があることから、せっかくのメリットが半減しているように思います。

どちらも無料ですが、どちらを選ぶべきか？ 気になったので、少し調べてみた。

実装の違い

どちらもハイパーバイザ型ですが、Hyper-V はペアレント OS という管理サーバーが動いています。 その実態は、不要機能を削ぎ落とした Windows Server であり、その意味ではハイパーバイザでは無いような気もします。 一方、VMware ESXi のほうはハイパーバイザ層しかありません。 このため、デバイスドライバの柔軟性では Hyper-V が優れており、効率面では VMware ESXi が優れているということになると思います。

管理ツールなど

どちらも GUI、CLI、Web の管理ツールがあります。 但し、VMware の Web 管理ツールは無償ライセンスでは利用できません。

ゲストOSのサポート

これは圧倒的に VMware ESXi のほうが多いです。 Hyper-V のほうが、Windows 系に強いのかと思いますが、Windows NT や Windows 95 といったレガシーOS をサポートしていませんし、Linux 系のサポートも弱いです。 VMware ESXi は、Windows NT 4 や 95 / 98 / Me はもとより、WIndows 3.1 や MS-DOS など非常に多くのレガシーOS から最新までサポートされます。

結論

総合的には、VMware ESXi が優れていると思います。